在19世纪末发生微生物病原体之前，医学界对流行病的产生原因长期存在争论，主要可分为接触性传染理论（简称“传染说”）与非接触性传染理论（简称“瘴疫说”）。接触性传染的理论有着古老的历史，它认为疾病是通过接触的方式进行传播的。直到罗马时代，才有了关于触染物的构成理论。瓦罗和西塞罗都认为热病是通过在风中传布的小动物而传染的。
吉罗拉莫·弗拉卡斯托罗发展和完善了此种观点。在年，他出版《关于疾病传染》一书，第一次科学地阐述了梅毒的确切性质、传染致病微生物及传染方式，提出传染病是通过活着的疾病种子而传播的。年，阿萨内修斯·基尔舍和安东·凡·列文虎克通过显微镜观察到了“微动物”，从而使这一理论得到进一步强化。直到19世纪初期，接触性传染理论在医学界仍然有着重大影响。
与之相对的是非接触性传染理论。该理论认为流行病是由环境因素引起的，有毒污秽的空气环境才是流行病的致病原因。该理论起源于希波克拉底时代，近代以来被托马斯·西德汉姆、约翰·普林格尔、詹姆斯·林德等医生所进一步发展和阐释。19世纪初，得益于托马斯·特洛特、查尔斯·麦克莱恩等医生的宣传，该理论与接触性传染理论形成分庭抗礼之势。
然而，由于理论知识和科学研究手段的局限性，“传染说”和“瘴疫说”并非泾渭分明，人们难以对疾病的两种传播方式进行严格区分。“从伏拉卡斯托罗《关于疾病传染》一书的出版到19世纪末微生物学的确立，把传染说和瘴疫说截然分开不但容易产生惊人误解，而且并不符合时代特征……当传染被很笼统地定义时，包括了那些可直接和间接传播的有害物质，同时瘴疫也被模糊地定义为可导致疾病的有毒的气体时，二者并非是不相容的。”而有时候，“同样的事实在这个研究者看来说明流行性疾病是通过人与人之间的接触而传播的，而在别的研究者看来则说明其中起作用的是范围更广的不良空气的影响。”
