除了殖民者的登陆，当地的印第安部族联盟——万帕诺亚格人，还面临其他麻烦。
在五月花号来袭的三年前，一场原产欧洲的瘟疫已经横扫了当地的部落联盟，使他们损失了大部分人口。当年欧洲人用于征服原住民的武器并不仅仅是枪炮和钢铁，更强有力的是病菌。
欧洲人从旧世界带来了可怕的病菌，如伤寒、麻疹、水痘，最可怕的是天花，这些疾病几乎灭绝了95%的印第安人。当然也有一些疾病是印第安人传染给欧洲人的，比如梅毒。这种顽固的性病在青霉素发明前的几个世纪中给欧洲人带来巨大困扰。
有研究者甚至认为19世纪欧洲有15%的人染有梅毒，这个意识并不是说当年有七分之一以上的欧洲人浑身长满“漂亮”的粉红色大疮，这种症状只是二期梅毒的特征，绝大多数梅毒在经历了一期和二期后，病毒的症状和传染性会逐渐减弱，最后几乎不会影响携带者的生活，一个体格强健的人能活到老年，当然象肖邦那样的病秧子就没有几天活的了。
梅毒给欧洲人的健康造成不良影响，并拉低了他们的“性福指数”，但是从另一方面来说，为近代欧洲文化艺术的繁荣作出了卓越的贡献。因为梅毒会侵染神经系统，并会影响大脑——也就是神经性梅毒，当病毒开始影响大脑时，他们会产生精神幻觉和分裂症状，并会造成失明、失聪和瘫痪，暴躁易怒和间歇性的抑郁与兴奋，但是同时梅毒发作时会对个体产生一些酬赏作用，例如“个体会产生异常的欣快感，激发出源源不绝的创造能量，或者形成自大狂恋感”，当年著名的文化人如舒伯特、肖邦、贝多芬、舒曼、波德莱尔、玛丽·塔德、福楼拜、莫泊桑、凡高、尼采、凯伦·布里森、乔伊斯，以及著名政治家林肯都被疑似为梅毒感染者。——当然上述创造力爆发的情形仅仅是对于某些天才才起作用，从实际病例来看大多数普通患者，他们会变成狂妄自大的让人讨厌的家伙。
当然有好事者还把爱因斯坦也加入这个名单，实际上即便不需要去查找求证，也可以知道爱因斯坦染上梅毒的可能性非常小。因为在18、19世纪，梅毒是一种“富贵病”（当年梅毒是一种被诗人和艺术家歌颂的“玫瑰的刺”），当时的妓院是一种时尚社交场所，中上层社会男人在这里寻欢作乐的同时，也联络感情、促进友谊、分享情报和生意经，如果一个的男人长了“老二”而不去妓院，就像现在有了智能手机而不装
